Si lavora alla mappa del Dna di migliaia di specie di batteri
Al via la mappa del Dna della materia oscura della vita: si lavora al sequenziamento del genoma di migliaia di specie di batteri finora irraggiungibili per gli studiosi e possibile fonte di futuri farmaci e biocarburanti. Raggiungere questo obiettivo e' possibile grazie a una nuova tecnica per sequenziare il Dna descritta su Nature Biotechnology, da un gruppo di ricerca coordinato dalla universita' della California (Uc) a San Diego e dal Craig Venter Institute, il centro di ricerca fondato da Craig Venter, il pioniere della mappa del genoma umano e delle ricerche sulla vita artificiale.
Finanziato dai National Institutes of Health degli Stati Uniti, il progetto permette per la prima volta di sequenziare il Dna estratto da una singola cellula di un batterio. Finora per ottenere la mappa di un microrganismo era necessario coltivare in laboratorio miliardi di cellule identiche. Ma una larga maggioranza di microrganismi, il 99,9%, secondo gli esperti, non puo' essere coltivata perche' vive in condizioni e ambienti specifici difficili da riprodurre: in simbiosi con altri batteri o sulla pelle di animali. Queste forme di vita includono microrganismi che sono possibili fonti di futuri farmaci e biocarburanti e batteri che vivono nel corpo umano.
Il lavoro apre le porte allo studio di ''migliaia di forme di vita che sono state finora completamente inaccessibili a livello genomico'', rileva uno degli autori, Pavel Pevzner, della Universita' della California a San Diego. I batteri, osservano gli esperti, giocano un ruolo vitale per la salute umana. Costituiscono circa il 10% del peso del corpo umano e possono essere trovati ovunque: dallo stomaco, alla bocca, all'intestino. Alcuni possono essere devastanti, altri aiutano a digerire, altri ancora possono cambiare il modo in cui ci comportiamo, per esempio inducendoci a mangiare di piu' di quanto abbiamo bisogno.
Conoscere i loro ''segreti'' aiutera' a progettare nuovi organismi ''su misura'', in grado di eseguire funzioni specializzate. Per analizzarne il Dna i ricercatori hanno messo a punto un algoritmo, grazie al quale hanno reso piu' efficiente una tecnologia usata per sequenziare il Dna chiamata Enter Multiple Displacement Amplification (Mda) e sviluppata 10 anni fa presso il Craig Venter Institute. Si tratta di una macchina che funziona come una fotocopiatrice e che, a partire da una singola cellula, fa copie di frammenti del genoma fino a produrre circa un miliardo di cellule. Finora questa tecnica si e' avvalsa di software poco efficienti, che permettevano di copiare alcuni frammenti di Dna migliaia di volte, mentre altri solo poche volte. Il nuovo algoritmo, testato sul batterio Escherichia coli e su alcuni batteri marini, assembla con efficienza il 90% dei geni a partire da una singola cellula.
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