Un videogame on line per aiutare la ricerca sull'Aids

[thelondonsuede]

Parafrasando un vecchio proverbio, si potrebbe dire che «giocando s'impara». La qual cosa non è certo una novità assoluta, ma stavolta assume connotati del tutto particolari.

Grazie a un particolare gioco online, Foldit, è stato possibile ricostruire in poche settimane la struttura tridimensionale di una proteina che per almeno un decina d'anni aveva rappresentato un vero e proprio rompicapo per gli scienziati.

L'importante risultato, che potrebbe dare una svolta alla ricerca di nuovi farmaci contro l'Aids, è illustrato su Nature Structural & Molecular Biology da un gruppo di ricercatori delle Unive
sità di Washington a Seattle (Usa) e di Poznan in Polonia, insieme con colleghi delle Accademie delle scienze polacca e ceca.

Foldit è un videogioco sperimentale, nato nel 2008, sul ripiegamento proteico (in inglese protein folding, processo attraverso il quale le proteine assumono la loro struttura tridimensionale) e la progettazione di nuove proteine, sviluppato all'Università di Washington. Il poche parole, Foldit prevede una serie di tutorial in cui il “giocatore” manipola semplici proteine, ma periodicamente vengono rilasciati puzzle (proteine da progettare o di cui bisogna trovare la reale struttura tridimensionale), in modo da aiutare gli scienziati nella loro attività di ricerca.

È proprio questo “gioco” che ha portato a definire la struttura di un particolare enzima indispensabile alla replicazione di un retrovirus molto simile a quello che causa l’Aids (il Mason-Pfizer monkey virus, M-Pmv, che colpisce le scimmie). Poiché appartiene alla stessa famiglia dell’Hiv, i ricercatori confidano appunto che scoprire come sono fatte le sue proteine aiuterà anche la ricerca contro l’Aids.

http://fold.it/portal/

Fonte: focussalute.it

[skydrake]

London, sei arrivato con un giorno di ritardo
http://hivforum.info/forum/viewtopic.php?f=2&t=215

[thelondonsuede]

pazienza meh ne faro una ragione affoghero il dispiacere in una coppa di gelato

[skydrake]

e magari a una partitina a questo videogioco.

P.S.
Se, a furia di piegare tutte le proteine che hanno codificato nella simulazione, riesci a battere il mostro dell'ultimo muro, fai un fischio a questo gruppo di ricerca

[thelondonsuede]

http://tv.repubblica.it/tecno-e-scienze ... ref=HREV-2

[skydrake]

Queste sono le più importanti partite in corso su Fold.it che riguardano proteine dell'HIV:

http://fold.it/portal/node/989658
http://fold.it/portal/node/989263
http://fold.it/portal/node/990262

Buona partita!

[skydrake]

Non so voi, ma io mi sto divertendo moltissimo con Fold.it
Inoltre, a differenza di un normale videogioco, il premio dell'ultimo muro è molto più allettante.....

[skydrake]

Di nuovo l'informatica presta soccorso alla ricerca medica nella ricerca dei modelli più adatti per descrivere l'HIV e successivamente per combatterlo.

Un gruppo di ricercatori sta adottando un nuovo approccio utilizzando algoritmi di antivirus per comuni virus per computer e sopratutto per antispam, adattati per riconoscere e trovare le debolezze dell'HIV. Se in teoria si riuscisse a costruire un emulo (=modello matematico completamente esauriente) dell'HIV, allora sarebbe possibile anche ideare il relativo antivirus.
Da:
http://www.timeslive.co.za/specialrepor ... er-program

__________

Now HIV to face computer program
TOBY SHAPSHAK | 04 dicembre, 2011 02:04

SOUTH African research into an Aids vaccine has received a boost from an unexpected source: the antivirus software used to detect spam in Hotmail.

Researchers at Microsoft are using spam-defeating software similar to that used by Hotmail - the world's largest web-based e-mail service - to search for the constantly mutating human immunodeficiency virus.

Like e-mail spam, which is constantly being adapted to evade the latest countermeasures, the many strains of HIV frequently mutate.

Antivirus software has been designed to detect the core details of spam - and this ability is being used against HIV.

The central research is being done at the University of KwaZulu-Natal's Centre for the Aids Programme of Research in South Africa (Caprisa) and the KwaZulu-Natal Research Institute for Tuberculosis and HIV.

The data is used by the Ragon Institute of the Massachusetts General Hospital, MIT and Harvard - with software help from thousands of computers at Microsoft Research in Seattle, US.

David Heckerman, who developed the computational biology software called PhyloD, said: "Before I was working on HIV I was working on spam filters. I actually invented the spam filter [for Hotmail].

"When it came to HIV, it was sort of the same thing. We had our immune systems like spam filters trying to block HIV; and HIV mutating to get around the immune system. So we had the same idea: let's go after the achilles heel of HIV."

In a telephone interview, Bruce Walker, Ragon Institute director and professor at Harvard Medical School, said: "What you have to do is teach the immune system to attack a virus at its most vulnerable positions.

"We believe the immune system is wasting a lot of ammo shooting at things that just don't matter to the virus. The virus is putting up decoys."

Walker is also an honorary professor of medicine at UKZN, where he works with Professor Thumbi Ndung'u, the director of the HIV pathogenesis programme at the university's school of medicine.

Professor Salim Abdool Karim, director of Caprisa, said "This high-end computing helps us understand mathematically how the body responds to the virus."

Although data-crunching using powerful computers is common in medical research, this is the first time antivirus software has been used.