Functional cure and seroreversion - la Paziente Argentina

Ricerca scientifica finalizzata all'eradicazione o al controllo dell'infezione.
sun
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Functional cure and seroreversion - la Paziente Argentina

Messaggio da sun » lunedì 18 agosto 2014, 16:46

Functional cure and seroreversion after advanced HIV disease following 7-years of antiretroviral treatment interruption
http://pag.aids2014.org/abstracts.aspx?aid=5607

Mi chiedo come mai di questo caso si sia discusso poco in generale.
Com'è possibile che una persona classificato A3 si sia sieroconvertito con la HAART.

Forse avrà sviluppato un HIV difettoso che si sia autoestinto?
Forse la diagnosi era sbagliata?
Forse Indinavir?


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Dora
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Re: Functional cure and seroreversion - la Paziente Argentina

Messaggio da Dora » lunedì 18 agosto 2014, 17:34

sun ha scritto:Functional cure and seroreversion after advanced HIV disease following 7-years of antiretroviral treatment interruption
http://pag.aids2014.org/abstracts.aspx?aid=5607

Mi chiedo come mai di questo caso si sia discusso poco in generale.
Com'è possibile che una persona classificato A3 si sia sieroconvertito con la HAART.

Forse avrà sviluppato un HIV difettoso che si sia autoestinto?
Forse la diagnosi era sbagliata?
Forse Indinavir?


sun
Ben arrivato "sun".
Ti confesso che, quando ho segnalato quel lavoro prima del congresso e l'ho definito "un caso strano raccontato in un poster, titolo ad effetto", un po' ci speravo in quel "caso clinico". Poi ho letto l'abstract e ho deciso che non valeva neppure la pena di parlarne. E credo che l'assenza di discussione nei siti che hanno seguito il congresso di Melbourne, che anche tu hai notato, dipenda dalle stesse ragioni per cui l'ho lasciato perdere.
Mi è parso, infatti, un lavoro impostato molto male, perché dava notizia di un caso di probabile cura di una persona che - da quanto dicono i ricercatori argentini era confermata HIV+ e addirittura in fase avanzata dell'infezione - ma non avanzava neppure un'ipotesi per spiegare l'accaduto. Ora, dal momento che la ART è stata interrotta nel 2007, direi che hanno avuto abbastanza tempo per approfondire il caso e cercare di venirne a capo.
Quella persona ha avuto una buona ripresa immunologica (CD4 stabili su valori quasi normali, rapporto CD4/CD8 a 1,4) e il virus pare stabilmente controllato a livelli molto bassi; rilevano dell'RNA, ma non del DNA - e questo non lo so spiegare (magari qualche parola in più nell'abstract avrebbero potuta spenderla). Che abbia sierorevertito non mi impressiona molto, perché la stessa cosa è accaduta ai Boston Patients, ma quando hanno avuto il rebound virale si è visto che significava poco.
Da quanto dicono gli autori del lavoro, questa persona non ha un profilo genetico particolarmente favorevole. Della fitness virale non fanno cenno.
E allora? Quel che è accaduto resta un mistero ed è la ragione per cui ho archiviato questo lavoro - imbarazzo, forse. Non sapevo proprio che dirne.



sun
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Re: Functional cure and seroreversion - la Paziente Argentina

Messaggio da sun » lunedì 18 agosto 2014, 20:22

A Melbourne, non dovevano accettare un caso clinico come questo senza il supporto di una documentazione clinica adeguata e completa.
I dubbi insinuano altri dubbi e non fanno bene a nessuno.
Dopo aver letto l'abstract la prima domanda che ho posta alla mia dottoressa è stata: -"perchè continuo a prendere farmaci se anch'io ho fatto la stessa terapia. Ed ora ho valori del sangue anche migliori?"
La dottoressa che mi segue ha sorriso e non mi ha risposto.
Non voglio giocare a fare l'ingenuo però questo " strano caso clinico" così come è stato presentato non andava divulgato.

sun



Dora
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Re: Functional cure and seroreversion - la Paziente Argentina

Messaggio da Dora » lunedì 18 agosto 2014, 21:03

sun ha scritto:A Melbourne, non dovevano accettare un caso clinico come questo senza il supporto di una documentazione clinica adeguata e completa.
(...) Non voglio giocare a fare l'ingenuo però questo " strano caso clinico" così come è stato presentato non andava divulgato.
È la stessa cosa che ho pensato io.
Un lavoro misero e ambiguo, che ha cercato il colpo di teatro senza però dare nessuna spiegazione. E poi l'hai visto il poster? In genere i poster sono molto più ricchi degli abstract, contengono concentrati una miriade di dati; invece questo è identico all'abstract e il grafico con l'andamento di HIV RNA e CD4 è l'unica informazione in più che viene data:

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Solo per un confronto, questo fu il magnifico poster che Gero Hütter presentò al CROI nel 2008. Nessuno tranne Martin Delaney lo notò, eppure era l'inizio del successo del Berlin Patient.

Immagine
I dubbi insinuano altri dubbi e non fanno bene a nessuno.
Hanno fatto un pessimo servizio sia alla ricerca, sia soprattutto alle persone con HIV. Questa è la ragione per cui avevo deciso di non parlarne.
Però mi incuriosisce la reazione della tua dottoressa. Pensi che non ti abbia risposto perché ritiene che quanto raccontato dagli argentini sia falso?



sun
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Re: Functional cure and seroreversion - la Paziente Argentina

Messaggio da sun » lunedì 18 agosto 2014, 23:06

Penso che la dottoressa che mi segue ai Gemelli non contempli l'idea di non prendere i farmaci.
Ha dato poco credito a questo abstract.
Però, se le lei ha avuto qualche dubbio di qualsiasi natura di sicuro non me l' ha manifestato.

Spontaneamente dico: nessuno a posto domande e quesiti analitici ai medici-ricercatori argentini?
Se nessuno lo ha fatto significa che non sono attendibili?
Però se non sono attendibili perchè hanno accettato a Melburne il loro lavoro? ( mi rispondo e dico: sono stati leggeri nella valutazione dei lavori proposti).



Dora
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Re: Functional cure and seroreversion - la Paziente Argentina

Messaggio da Dora » martedì 19 agosto 2014, 7:28

sun ha scritto:Spontaneamente dico: nessuno a posto domande e quesiti analitici ai medici-ricercatori argentini?
Se nessuno lo ha fatto significa che non sono attendibili?
Io non ho avuto occasione di vedere reazioni a quel poster da parte di scienziati presenti a Melbourne.
D'altra parte, Jules Levin si è limitato a postarlo in Natap senza commenti e Simon Collins, nel suo report sulla cura per i-base, ha scritto semplicemente:
  • A case study reported undetectable viral load and reduced CD4 HIV responses from a patient in Argentina who has been off treatment for more than seven years, though no intervention was involved.


Mark Mascolini, invece, ha raccontato il caso basandosi sull'abstract e ha aggiunto che
  • The Buenos Aires team classifies this case as a functional cure with seroreversion. They plan further assessment of viral reservoirs in T cells and immunologic response to HIV-1.
Questo mi fa ritenere che il lavoro non sia una bufala ma, come ho detto nel primo post, che sia stato fatto assai male: ci pensano soltanto adesso a indagare reservoir e risposte immuni? :roll:

Stando a PubMed, Analía Urueña e Isabel Cassetti, primo e ultimo nome del poster di Melbourne, non mi paiono autrici molto prolifiche. Qualcosa in più hanno pubblicato in spagnolo, anche se mi sembra che si occupino strettamente di clinica e non siano ricercatrici - ma hanno comunque pubblicato qualcosa (poca roba) su HIV.
Però se non sono attendibili perchè hanno accettato a Melburne il loro lavoro? ( mi rispondo e dico: sono stati leggeri nella valutazione dei lavori proposti).
La leggerezza nel valutare i lavori portati a un congresso IAS non sarebbe una novità e se ne son viste di ben peggiori di un caso mal raccontato di possibile cura funzionale. Non so se ricordi il casino che scoppiò quando a Vienna, nel 2010, vennero ammessi poster di negazionisti, in primo luogo Marco Ruggiero.



Dora
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Re: Functional cure and seroreversion - la Paziente Argentina

Messaggio da Dora » martedì 16 novembre 2021, 7:18

The Esperanza Patient - una curiosità scientifica, ma anche un raggio di speranza


È riferito sugli Annals of Internal Medicine, in un articolo uscito ieri - A Possible Sterilizing Cure of HIV-1 Infection Without Stem Cell Transplantation - il secondo caso di persona che sembra aver eradicato HIV da sola, senza bisogno di ricorrere a un trapianto di cellule staminali. Si tratta ancora una volta di una donna e, per proteggere la sua identità, è stata soprannominata in modo bello ed evocativo la Paziente di Esperanza (Santa Fe, Argentina).

La principale autrice del lavoro è Xu Yu, che ad Harvard studia i reservoir degli elite controller e che l'anno scorso aveva pubblicato su Nature un caso simile, quello della più nota Loreen Willenberg.

Della paziente argentina abbiamo sentito parlare quando il suo caso fu presentato al congresso IAS di Melbourne nel 2014. Allora, poche notizie scarne e confuse. Oggi arriva un follow up, i cui aspetti più coloriti possono essere seguiti su siti americani di divulgazione, in particolare



Vediamo i dettagli. L'articolo di Xu Yu e colleghi, riferisce di una donna di 30 anni, che ricevette la diagnosi di HIV nel 2013, quando richiese il test per un controllo. L'ultimo test negativo risaliva al 2011.
Il marito aveva l'HIV, con una viremia che nel 2013 arrivava a 186 mila copie, ed è morto di AIDS nel 2017.
Nei successivi 8 anni, 10 test dell'HIV RNA fra quelli che si trovano in commercio diedero sempre viremia irrilevabile e la donna non ha mai manifestato alcun segno clinico o di laboratorio che possa essere associato all'infezione da HIV.
Non ha mai preso la cART, tranne durante una gravidanza nel 2019 (tenofovir, emtricitabina, raltegravir per 6 mesi, nel secondo e terzo trimestre). Dopo la nascita del bambino, che è risultato HIV negativo, la signora ha interrotto la terapia e da allora le PCR sono sempre state negative.

Per studiare i reservoir, le sono state prelevate fra 2017 e 2019 più di un miliardo di cellule mononucleate del sangue periferico (in sostanza, i CD4 nel sangue), ed è stata analizzata anche la placenta, che è un organo ricco di cellule immunitarie della madre.
In tutto, sono state trovate 7 quasispecie provirali, tutte difettive (tutte nelle PBMC, nessuna nella placenta).
Da 150 milioni di CD4 quiescenti analizzati non è stato possibile ricavare una singola particella virale capace di replicazione.

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La presenza di HIV DNA indica che la donna è stata senz'altro infettata e che in qualche momento dopo l'infezione ci sono stati dei cicli di replicazione virale. Così come l'analisi dei CD4 e dei CD8 memoria ha mostrato la presenza di linfociti T che hanno risposto alla proteina p24 del virus.

I Western Blot fatti in occasioni diverse hanno sempre presentato delle bande incomplete, e questo suggerisce una sieroconversione soltanto parziale.

Immagine

In sostanza, questa donna presenta il fenotipo di una elite controller o di una post treatment controller, ma a differenza di queste categorie di persone che controllano bene HIV, lei mostra una completa assenza di virus capace di replicarsi.
Questa situazione è analoga a quella di Loreen Willenberg, ma la Paziente di Esperanza somiglia anche molto a Timothy Brown dopo il trapianto di staminali CCR5Δ32, perché anche in lui non furono mai più rilevati provirus capaci di replicarsi (e non si può dire che non siano andati a cercarli in ogni anfratto del suo corpo, cervello compreso).

Poiché per il Berlin Patient si è infine giunti a parlare di cura sterilizzante, Xu Yu e colleghi si pongono la domanda se anche per la Esperanza Patient sia possibile parlare di eradicazione. La loro risposta è che loro ritengono che questo sia molto probabile, ma che non può essere dimostrato e non per qualche strana o misteriosa ragione, ma perché così funziona il metodo scientifico, che permette di confutare una ipotesi positiva, ma non di provare un'ipotesi negativa.

Although this might sound unsatisfying, it reflects an intrinsic limitation of scientific research: Scientific concepts can never be proved through empirical data collection; they can only be disproved. In the context of HIV-1 research, this means that it will be impossible to empirically prove that anybody has achieved a sterilizing cure. All that can reasonably be done is to show that someone is not cured, by isolating intact proviruses and/or replication-competent HIV-1 from patient-derived material, as we and others have done in almost all prior analyzed patients. In contrast, in the person described here, we failed to detect any intact or replication-competent proviruses, despite what we consider a serious and comprehensive effort to detect them using massive numbers of cells and multiple complementary virologic assays. Therefore, we currently cannot reject the hypothesis that this patient has achieved a sterilizing cure.


Non è chiaro che cosa davvero sia successo, in base a quali meccanismi la signora argentina sia riuscita a eradicare da sola il virus. E questo è quel per ora che fa di questo caso clinico solo una curiosità scientifica e una bella storia.
Le risposte HIV-specifiche dei linfociti T e B possono aver contribuito. Così come un ruolo possono averlo avuto dei fattori cellulari di restrizione, che hanno fatto abortire i tentativi del virus di replicarsi (hanno trovato provirus cosiddetto ipermutato, quindi deve essere entrato in gioco un fattore chiamato APOBEC-3G o 3F).

La poetica conclusione di Xu Yu:

The person described here is originally from the city of Esperanza, Argentina, and in line with her wishes, we propose to refer to her as
the “Esperanza patient” to send a message of hope for finding a cure for HIV-1 infection.


Lo spirito della conclusione dell'articolo di Xu Yu e colleghi è ripreso in un editoriale di Joel Blankson:

If the Esperanza patient has indeed achieved a sterilizing cure, defining the mechanisms responsible for it becomes important. Elite controllers have potent CD8+ T-cell responses that can kill productively infected CD4+ T cells, but it seems unlikely that quiescent latently infected cells would be recognized and killed since they probably do not make viral proteins. If this is the mechanism, then how does this patient differ from many other elite controllers who control viral replication but are unable to achieve complete eradication? The authors show that her CD4+ T cells could easily be infected with laboratory strains in vitro, so a unique restriction factor in this patient seems unlikely. The patient's partner eventually died of AIDS. Could it be that due to prior exposure to the virus, the patient had developed an HIV-specific immune response before becoming infected and thus was able to kill the majority of infected cells during primary infection before the reservoir was effectively seeded? It would be interesting to use her cells to develop avatars of her immune system in humanized mice to determine what happens after infection with primary HIV-1 isolates. In the meantime, it is perhaps not a coincidence that she hails from Esperanza, which translates to “hope” in English. If a spontaneous sterilizing cure of HIV is in fact possible, we may eventually be able to do more than just hope that we can replicate this phenotype on a large scale.



Blast
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Re: Functional cure and seroreversion - la Paziente Argentina

Messaggio da Blast » martedì 16 novembre 2021, 20:04

Affascinante cercare di capire il motivo per il quale un virus "difettivo" sia in grado di dare un'infezione da HIV (con tanto di diagnosi) ma poi sia incapace di replicare.
Cioè la domanda è come un virus possa essere in grado inizialmente di dare infezione produttiva per poi perdere la sua virulenza, peraltro senza terapia. E come mai le mutazioni riscontrate nel DNA provirale ipermutato siano in qualche modo tutte loss of function.


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Re: Functional cure and seroreversion - la Paziente Argentina

Messaggio da Dora » mercoledì 17 novembre 2021, 6:33

Blast ha scritto:
martedì 16 novembre 2021, 20:04
Affascinante cercare di capire il motivo per il quale un virus "difettivo" sia in grado di dare un'infezione da HIV (con tanto di diagnosi) ma poi sia incapace di replicare.
Cioè la domanda è come un virus possa essere in grado inizialmente di dare infezione produttiva per poi perdere la sua virulenza, peraltro senza terapia. E come mai le mutazioni riscontrate nel DNA provirale ipermutato siano in qualche modo tutte loss of function.
Finché era nel corpo del marito, quel virus era perfettamente funzionante, tanto da creare alte viremie e poi da ucciderlo.
Quando ha incontrato la signora di Esperanza, le cose hanno cominciato ad andargli male fin da quasi subito, perché il WB ci dice che la sieroconversione è stata parziale. Che cosa l'abbia bloccato, escludendo bNAbs che per svilupparsi richiedono tempo, non è chiaro e sarà oggetto di ricerche a non finire (Blankson nell'editoriale dice: prendiamo dei topi nati privi di sistema immunitario, trapiantiamogli quello della signora, creiamo un nuovo modello di topi umanizzati e vediamo che succede - mi pare un ottimo suggerimento, facile da attuare).
Io ho trovato affascinante il riferimento all'APOBEC-3G e alle ipermutazioni trovate in quel quasi niente di DNA virale rimasto nella signora, perché questo enzima - cito da un vecchio post linkato sopra -
ha una capacità antivirale che inibisce la replicazione dell’HIV mediante un processo che di chiama deaminazione (cioè fuoriuscita di un gruppo amminico da una molecola, con conseguente produzione di una molecola di ammoniaca) della citosina (una delle tre basi azotate pirimidiniche alla base degli acidi nucleici DNA e RNA).
Questo processo ossidativo spontaneo della citosina porta alla formazione di uracile, che è un’altra delle basi azotate pirimidiniche che formano l’acido nucleico RNA. Se si lega a una molecola di ribosio (che è uno zucchero contenuto in ogni cellula e che è alla base dell’acido ribonucleico – RNA – e dell’adenosintrifosfato – ATP), l’uracile forma l’uridina che, insieme a adenosina, guanosina e citidina, è la base dell’RNA.
Quando l’A3G causa la deaminazione della citosina, questo induce numerose mutazioni nella struttura del DNA del virus, interferendo con la sua replicazione (sia con la trascrizione inversa, sia con l’integrazione) e inattivandolo.
L’HIV reagisce all’A3G producendo una proteina che si chiama Vif (Fattore di infettività virale) che, interagendo con l’A3G, lo degrada. Il Vif promuove l’infettività, ma non la produzione di particelle virali; in sua assenza, le particelle virali che vengono prodotte sono difettive, mentre la trasmissione del virus da una cellula all’altra non ne viene toccata
Perché, in questa persona, l'A3G si sarebbe rivelato più efficace che in (quasi) tutte le altre che incontrano HIV? Aveva un virus che produceva troppo poco Vif? Ma nel marito l'incontro fra A3G e Vif è andato - come quasi sempre - a favore del virus. Che altro è intervenuto? Una felice combinazione di reazioni dell'immunità innata? Io non vedo l'ora che Xu Yu ci racconti qualcosa sui CTL e le NK della signora di Esperanza ...



Blast
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Re: Functional cure and seroreversion - la Paziente Argentina

Messaggio da Blast » mercoledì 17 novembre 2021, 18:35

Dora ha scritto:
mercoledì 17 novembre 2021, 6:33
Perché, in questa persona, l'A3G si sarebbe rivelato più efficace che in (quasi) tutte le altre che incontrano HIV? Aveva un virus che produceva troppo poco Vif? Ma nel marito l'incontro fra A3G e Vif è andato - come quasi sempre - a favore del virus. Che altro è intervenuto? Una felice combinazione di reazioni dell'immunità innata? Io non vedo l'ora che Xu Yu ci racconti qualcosa sui CTL e le NK della signora di Esperanza ...
Potrebbero andare a guardare la sequenza di questo enzima, e vedere se una qualche mutazione o SNP ha conferito a questo enzima una maggiore affinità di legame al DNA virale rispetto alla forma più comune. Staremo a vedere


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