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Autore Messaggio
MessaggioInviato: lunedì 10 luglio 2017, 18:06 
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Iscritto il: domenica 26 ottobre 2014, 15:42
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Ho visto che su PubMed iniziano anche a mettere sempre più spesso dopo il titolo la tabella con i nomi dei reviewers. Speriamo sia un disincentivo a trattare la revisione degli articoli con sufficienza.

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CIAO GIOIE


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MessaggioInviato: martedì 11 luglio 2017, 20:46 
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Per chi volesse leggere un articolo divulgativo sul BioRxiv, in italiano:

http://www.lescienze.it/news/2017/07/10 ... r-3597793/

Nulla che non abbia già scritto Dora, ma in maniera più colorita


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MessaggioInviato: giovedì 7 settembre 2017, 7:25 
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DUE BREVI SU CRISPR E HIV

1. Lo scorso agosto, un gruppo di ricercatori cinesi ha pubblicato su Molecular Therapy uno studio in cui mostravano per la prima volta come la distruzione del gene che codifica per il corecettore CCR5 in cellule staminali ematopoietiche conferisse in vivo resistenza a HIV in un gruppo di topi umanizzati: CRISPR/Cas9-Mediated CCR5 Ablation in Human Hematopoietic Stem/Progenitor Cells Confers HIV-1 Resistance In Vivo.

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Nonostante il gene CCR5 sia stato distrutto in una percentuale ancora insufficiente di cellule (dal 21 al 28%), le staminali hanno attecchito bene e hanno dato origine a una progenie di cellule inattaccabili dagli HIV che usano il CCR5 per infettare i CD4. Ne è risultato che nei topi che ospitavano le staminali e le loro cellule figlie mutate, dopo le prime settimane dal momento dell'infezione si sono visti una notevole diminuzione dei livelli di HIV RNA e un declino dei CD4 sensibilmente minore rispetto a quanto osservato nei topi di controllo.

Certo, sono topi che prima ricevono un sistema immunitario umano (parziale) modificato e solo dopo vengono infettati, ma questo studio, secondo Chen, Deng e i loro colleghi di Pechino, offre una solida base per provare a trapiantare staminali modificate mediante CRISPR/Cas9 in esseri umani.


2. L'altra notizia su CRISPR/Cas9 che ci interessa è di ieri: Kamel Khalili, Temple University, ha fondato una società biotech che sviluppa, produce e vende piattaforme di editing genetico, la Excision BioTherapeutics, e insieme al socio fondatore, nonché presidente e CEO della società, Thomas Malcom, ha ottenuto un finanziamento di 10 milioni di dollari.
Naturalmente questi serviranno per far avanzare verso la fase clinica le ricerche di Khalili di distruzione del CCR5 mediante CRISPR/Cas9.
Maggiori dettagli sull'operazione finanziaria qui: HIV Cure-Focused Excision BioTherapeutics Secures $10 Million in Seed Funding Led by ARTIS Ventures.


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MessaggioInviato: giovedì 7 settembre 2017, 19:37 
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Io confido molto su questo approccio

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CIAO GIOIE


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MessaggioInviato: mercoledì 28 marzo 2018, 8:18 
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Iscritto il: martedì 7 luglio 2009, 10:48
Messaggi: 6306
Maggio-giugno 2017

Dora ha scritto:
Dora ha scritto:
C'è poi la questione delle CRISPR. Fino a un paio di settimane fa, pareva che questo strumento di editing genetico fosse destinato a una marcia trionfale verso gli studi clinici. Poi è uscita una lettera su Nature Methods - Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo - che è stata una doccia fredda per tutti: un gruppo di studiosi di Stanford e della Columbia sostengono che, se si vanno a studiare in modo più dettagliato di quanto fatto finora gli effetti off target delle CRISPR, sequenziando l'intero genoma e non solo dei pezzettini come è stato fatto fino adesso, si scopre che queste possono causare centinaia di mutazioni nel genoma. Mutazioni che non vogliamo e che non sappiamo se siano innocue o potenzialmente pericolose. Loro hanno lavorato sui topi, ma non c'è ragione di ritenere che nell'uomo le cose vadano diversamente.
Le reazioni della comunità scientifica sono state immediate e comprensibilmente preoccupate. Naturalmente le compagnie che producono i kit e li vendono ai laboratori di tutto il mondo (e le cui azioni sono crollate il giorno dopo la pubblicazione dell'articolo) dicono che the conclusions drawn from this study are unsubstantiated by the disclosed experiments e chiedono la ritrattazione dell'articolo.
Aspettiamo di vedere che accade.

E quel che accade, accade molto in fretta: Nature Methods risponde alle proteste delle compagnie che vendono i kit delle CRISPR pubblicando una nota di preoccupazione, che viene poi diffusa da Antonio Regalado, che segue tutte le vicende legate a CRISPR per Technology Review e aveva raccolto lo sconcerto di ricercatori e compagnie un paio di settimane fa.

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Retraction Watch riprende il tweet e intervista alcuni dei critici del lavoro incriminato.
Le critiche sembrano serie: non sono tanto i dati ad essere sbagliati, quanto l'impostazione stessa del lavoro - the experiment was not designed to support the question they were asking, dice George Church, il genetista di Harvard che non è solo uno degli scienziati più famosi di questi decenni, ma è co-fondatore di Editas, una delle società che riforniscono di CRISPR i laboratori di tutto il mondo.
I controlli sono stati scelti male, geneticamente troppo lontani dai topi crisprizzati, così che non si può sapere se le variazioni genetiche osservate dipendono davvero dall'editing operato dalle CRISPR. E poi i topi studiati sono stati soltanto 2 più un controllo.
D'altra parte, vista la quantità immane di denaro che è in gioco, è anche facile pensare che le critiche siano molto interessate.

È stata comunque aperta un'inchiesta interna a Nature e ci sono dei gruppi di ricerca che stanno rifacendo il lavoro di Schaefer et al. Se anche non si arriverà a una ritrattazione dell'articolo, la sua sorte sembra appesa a un filo.


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Marzo 2018 - contrordine, compagni!

In meno di un anno, la questione pare essersi chiarita. Anzi, a chiarirla ci hanno pensato gli autori stessi dell'articolo su Nature Methods, ribaltando completamente le conclusioni del loro lavoro precedente.
Per adesso il loro articolo è uscito su BioRxiv, quindi resta in attesa di passare la peer review. Ma fin dal titolo Corrigendum and follow-up: Whole genome sequencing of multiple CRISPR-edited mouse lines suggests no excess mutations Shaefer e colleghi di Stanford si assumono la responsabilità di modificare radicalmente le conclusioni del lavoro precedente. Pensavamo che l'editing con CRISPR/Cas9 in cellule di zigoti avesse introdotto una gran quantità di mutazioni inattese e non volute, ma ci siamo sbagliati. Non avevamo a disposizione le linee cellulari da cui le cellule su cui abbiamo lavorato provenivano, quindi era possibile che le mutazioni osservate fossero state ereditate dalle cellule madri e non indotte dall'editing da noi operato. Abbiamo rifatto gli esperimenti, sequenziato di nuovo tutto il genoma e scoperto che - in questo specifico caso - l'editing con CRISPR/Cas9 può modificare con precisione il genoma a livello dell'organismo, senza introdurre numerose e non desiderate mutazioni off-target.
D'altra parte, anche studiando con un metodo diverso altri topi modificati con CRISPR, non si sono viste un gran numero di mutazioni inattese potenzialmente introdotte dalla procedura di editing. Questo significa che l'uso dei topi geneticamente così simili nell'esperimento dell'anno scorso potrebbe non spiegare, di per sé, quell'eccesso di mutazioni che noi siamo sicuri di aver visto.
Servono dunque altri studi, ma per il momento possiamo ritenere che l'editing con CRISPR/Cas9 possa non introdurre troppe mutazioni non volute, quindi che possa procedere verso le sperimentazioni cliniche.
Riteniamo però che servano altri studi per ottimizzare la precisione e confermare la sicurezza a livello dell'intero genoma.

Insomma, a parte l'atteggiamento scontato di un colpo al cerchio e uno alla botte, l'articolo dell'anno scorso può essere considerato carta straccia con il permesso dei suoi autori.

Un bel sospiro di sollievo per chi segue le storie delle CRISPR, mentre le biotech che avevano perso fino al 15% in borsa tornano a salire.




Altri particolari su ScienceAlert: Scientists Who Said CRISPR Is Dangerous Can't Even Replicate Their Own Results


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MessaggioInviato: mercoledì 28 marzo 2018, 8:48 
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Bhe dai, Mi sembra effettivamente un’ottima controprova! Anche mi spaventa terribilmente come tecnica, la trovo veramente affascinante e forse sarà veramente il futuro di molte malattie (in un mondo abbastanza lontano), compresa la nostra!

Grazie Dora!

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MessaggioInviato: venerdì 30 marzo 2018, 16:31 
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Iscritto il: martedì 7 luglio 2009, 10:48
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Dora ha scritto:
È stata comunque aperta un'inchiesta interna a Nature e ci sono dei gruppi di ricerca che stanno rifacendo il lavoro di Schaefer et al. Se anche non si arriverà a una ritrattazione dell'articolo, la sua sorte sembra appesa a un filo.

E la ritrattazione da parte di Nature Methods è arrivata.

    This paper is being retracted because the genomic variants observed by the authors in two CRISPR-treated mice cannot be conclusively attributed to CRISPR/Cas9. The paper was a peer reviewed Correspondence in the journal. The authors made their observation as part of their work on correction of a gene involved in blindness. The authors used mice of the inbred FVB/NJ strain from the JAX genetic quality control program that were purchased within months of each other and that were not bred in the authors’ laboratory. The assumption was that this design was sufficient to control for genetic variation in an inbred strain. Since publication of the work, however, it has been brought to the journal’s and the authors’ attention that without parental controls or more analysis of genetic background, it is not certain that the variants reported are due to CRISPR treatment (https://www.nature.com/articles/nmeth.4559, https://www.nature.com/articles/nmeth.4552, https://www.nature.com/articles/nmeth.4553, https://www.nature.com/articles/nmeth.4541, https://www.nature.com/articles/nmeth.4554). The study is therefore being retracted to maintain the accuracy of the scientific record.

    SHT and WHW agree with the retraction. KAS, DFC, AGB and VBM do not agree with the retraction.

    All authors note that there is very little whole genome sequencing data on the effects of CRISPR treatment in vivo. The question of whether or not CRISPR has effects on the in vivo genome will require further study; the authors are carrying out follow up studies using whole genome sequencing.

Altri dettagli su Retraction Watch.


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MessaggioInviato: martedì 22 maggio 2018, 6:36 
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DISTRUZIONE MEDIANTE CRISPR/Cas9 DEI GENI TAT E ENV DI HIV IN CELLULE LATENTEMENTE INFETTE

La settimana scorsa, un gruppo di ricercatori della Kobe University ha pubblicato in open access sui Scientific Reports un lavoro in cui raccontano di avere distrutto con CRISPR/Cas9 in vitro, in un modello di linfociti T CD4 latentemente infetti, tat e rev, che sono due geni regolatori di HIV, che quando il virus è latente lo mantengono in latenza, ma quando si riattiva gli permettono di replicarsi e proliferare.

Hanno costruito un vettore lentivirale che esprimeva l'enzima Cas9 e 6 diversi tipi di RNA guida, uno per ciascuno dei 6 principali sottotipi di HIV-1. L'introduzione di questo vettore nella coltura di cellule latentemente infette ha comportato una diminuzione dell'espressione e del funzionamento sia di Tat, sia di Rev, senza che venissero rilevati effetti off target e senza che il tasso di sopravvivenza e la funzionalità delle cellule venissero alterati.
Anche quando si è cercato di riattivare il virus latente, l'abolizione dell'espressione di Tat e Rev, e quindi della loro funzione regolatoria, ha impedito la ripresa della trascrizione.

In polemica con lavori di Khalili di cui abbiamo parlato tempo fa, in cui le CRISPR erano state usate per distruggere porzioni di LTR e Gag di HIV, i ricercatori giapponesi sostengono che lavori successivi dello stesso gruppo hanno dimostrato che l'LTR non era stato davvero distrutto e quindi l'editing dell'intero gene - come invece hanno fatto con Tat e Gag Kameoka e colleghi - può essere più efficiente a danneggiare irreparabilmente il provirus e impedirne la replicazione.

Un altro punto di vantaggio del loro lavoro consiste, secondo i ricercatori giapponesi, nella combinazione di 6 RNA guida. L'HIV-1 latente è una sequenza statica e che non si evolve, in cui la mancanza di trascrizione inversa in genere indica che non si verificano mutazioni associate a resistenze. Tuttavia, proprio come questo virus ha la capacità di sfuggire alla pressione di una monoterapia antiretrovirale producendo mutazioni di escape, così si è visto che è capace di creare resistenze anche a CRISPR, ma che se si combinano due RNA guida, soprattutto se questi vanno a colpire delle sequenze genetiche virali ben conservate fra le infinite varianti ed essenziali alla sopravvivenza di HIV, allora questa sua capacità diminuisce, perché i 2 gRNA insieme riescono a inattivare una frazione più ampia di provirus, creando una specie di collo di bottiglia nell'evoluzione virale, che limita la formazione di varianti di virus capaci di replicazione.
L'escape virale è invece favorita da mutazioni che non danneggiano la fitness di HIV. Ecco perché Kameoka e colleghi hanno deciso di intervenire su geni regolatori come Tat e Env: perché se non funzionano loro la trascrizione del virus diventa impossibile.
Ammettono però di non aver fatto un'analisi sulle resistenze in questo studio e che quindi è anche possibile che ripetuti tentativi di infettare nuove cellule con le cellule in cui Tat e Env sono state disattivate mediante le CRISPR possano rivelare che sono emersi dei mutanti di escape tat e rev gRNA-specifici.
In ogni caso, la combinazione di più gRNA dovrebbe comunque minimizzare l'emergenza di varianti di escape e massimizzare l'efficacia della distruzione dei provirus.

Servono però studi in vivo prima di poter dire che l'uso di CRISPR/Cas9 può portare a una cura funzionale dell'infezione da HIV.




Fonti:


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MessaggioInviato: martedì 22 maggio 2018, 8:56 
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Stai a vedere che sti giappi ci svoltano l'esistenza.....


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MessaggioInviato: martedì 22 maggio 2018, 9:44 
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Ogni tanto una buona notizia dopo le mazzate della ricerca di base :D

Qualche curiosità se posso: il lentivirus permette l’ingresso in tutte le cellule Tcd4 (latentemente infette e non) e le guide del cas9 si “attiverebbero” solo in presenza di provirus integrato nel genoma con sequenze REV e TAT riconosciute (e da qui il tema della selezione delle mutazioni di escape), quindi la vera difficoltà è nella costruzione delle guide “efficaci” che includano peri quanto piu conservative è possibile? Il Lentivirus utilizzato teoricamente penetra solo cd4 o potenzialmente anche le altre cellule coinvolte dall’infezione (tipo quei discutibili <edit automatico> dei macrofagi?) dall’articolo non sono riuscito a capire come fosse costruito?
Secondo te, se teoricamente dal paziente estraessi prima HIV-DNA integrato, chissà se si possa costruire le guide in maniera paziente specifica?(chiaro che sarebbe troppo costoso per farlo a tutti, ma pensavo per l’impostazione del trial)

Potenzialmente sarebbe estendibile anche per una cura eradicante oltre che funzionale?

Sono proprio curioso di vedere i prossimi trial come saranno impostati!


Grazie cara :)

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