CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

[Blast]

Io voglio sapere la CRISPR/Cas9 di questo studio verso quale parte della sequenza del virus è diretta

O meglio vuoi sapere se nella sequenza è presente anche la base azotata uracile, che ricordiamolo appartiene solo agli rna, per computare il rischio? Penso di si anche perché fungerebbe da segnale inconfutabile per le forbici..forse è proprio per questa ragione che si è affermato che il rischio crispr associato a hiv è minore rispetto al trattamento di altre patologie ovvero ci sono meno o addirittura nulli effetti off target..
Era questa la tua domanda/ curiosità?

Questo per me è troppo da sopportare

[Blast]

@Blast (scusa, la tua domanda mi era sfuggita!): LTR e Gag (vale anche per lo studio sull'uomo).

(scritto più volte nel thread - l'ultima è questa)

thanks

[Dora]

Io voglio sapere la CRISPR/Cas9 di questo studio verso quale parte della sequenza del virus è diretta

O meglio vuoi sapere se nella sequenza è presente anche la base azotata uracile, che ricordiamolo appartiene solo agli rna, per computare il rischio? Penso di si anche perché fungerebbe da segnale inconfutabile per le forbici..forse è proprio per questa ragione che si è affermato che il rischio crispr associato a hiv è minore rispetto al trattamento di altre patologie ovvero ci sono meno o addirittura nulli effetti off target..
Era questa la tua domanda/ curiosità?

Questo per me è troppo da sopportare

Eehhh...

[Dora]

Prevedo che il prossimo step sarà usare la CRISPR in combinazione con HDAC inhibitors visto che il DNA virale nei reservoir potrebbe essere troppo impacchettato per poterlo eliminare tutto

Per adesso siamo solo ai modelli, però dai un'occhiata qui:

A model system that uses activated cells to establish latency and reporters to detect productively and latently infected cells (45) may be used to generate gene knockouts using a CRISPR/Cas9 system and to select for cells that contain both the gene knockout and HIV infection. One limitation of this approach, however, is low frequency of both the knockout and latently infected cells, resulting in insufficient cell numbers to perform subsequent treatments with HDACi and analysis. Because the CRISPR/Cas9 method requires T cell activation, it would not be applicable to models that use resting cells to establish latency or ex vivo cells from HIV-infected individuals.

Histone deacetylase inhibitors induce complex host responses that contribute to differential potencies of these compounds in HIV reactivation (2019)

C'è anche chi pensa di usare direttamente CRISPR come anti-latenza:

Targeted HIV-1 Latency Reversal Using CRISPR/Cas9-Derived Transcriptional Activator Systems (2016)

A CRISPR Approach for Reactivating Latent HIV-1 (2016)


*****************


In ogni caso, la grande novità (tecnicissima) di Natale è questo lavoro della LMU München su Nature Methods:

Rapid, efficient and activation-neutral gene editing of polyclonal primary human resting CD4+ T cells allows complex functional analyses

In questo articolo viene descritto un "protocollo per una distruzione efficiente, policlonale e multipla di geni in CD4 quiescenti umani primari".
In sostanza, un metodo per manipolare con CRISPR i CD4 quiescenti (quelli che costituiscono il maggior reservoir di HIV latente), che sono difficili da trattare perché l'editing genetico si fa di preferenza su cellule attivate, che si stanno dividendo.
Anzitutto, Keppler e colleghi sono riusciti a separare e mantenere in coltura i CD4 quiescenti prelevati e isolati dal resto del sangue di persone con HIV per settimane (fino a 6) e non per i soliti 3-4 giorni.
Poi sono riusciti a manipolare con CRISPR quasi tutti questi CD4 (98%) senza riattivarli.
Poi sono riusciti a manipolare fino a 6 geni in un colpo solo, compresi geni di fattori di restrizione.
Fra le altre cose, hanno inserito il gene della GFP (Green Fluorescent Protein), che permette di analizzare i cambiamenti di attività di un gene target date determinate condizioni.
Un bello strumento in più per studiare le dinamiche del reservoir, in particolare le interazioni tra componenti virali e cellulari a livello della singola cellula e nei rapporti delle cellule fra loro.

[Dora]

Iscritto in ClinicalTrials.gov a inizio dicembre e non ancora aperto al reclutamento dei partecipanti, ma sta comunque finalmente iniziando il trial clinico di Excision BioTherapeutics sull'uso di CRISPR per distruggere il DNA di HIV integrato nelle cellule umane:

Study of EBT-101 in Aviremic HIV-1 Infected Adults on Stable ART

Si tratta della somministrazione per via intravenosa dell'EBT-101 in persone con HIV ben controllato dalla cART, più di 500 CD4, sostanzialmente in buone condizioni di salute e senza anticorpi anti-AAV9 (che è il virus adenovirus-associato che funge da vettore del sistema CRISPR/Cas9 - se si è entrati in contatto con questo virus, il rischio è che gli vengano scatenati contro degli anticorpi che vanificherebbero tutto il trattamento).

È uno studio interventistico, non randomizzato e in aperto, che si svolgerà in diversi centri degli Stati Uniti. Prevede di arruolare 9 partecipanti, che siano nati maschi e siano disposti a sottoporsi a una sospensione della cART e a usare il condom nei rapporti sessuali, e di dividerli in tre gruppi, che riceveranno dosaggi diversi di EBT-101.
L'obiettivo unico dello studio è la sicurezza e tollerabilità del trattamento con EBT-101. Ma i partecipanti saranno seguiti anche in uno studio successivo, EBT-101-002, che indagherà gli effetti del trattamento per i prossimi 15 anni.

Il protocollo in ClinicalTrials.gov è tutto qui. Immagino che per avere i dettagli, compreso il consenso informato sottoposto ai 9 volontari, sia necessario contattare Excision Bio.

Ieri Excision BioTherapeutics ha comunicato di avere iniziato l'arruolamento dei pazienti per testare il suo EBT-101, il primo trial sull'uso di CRISPR/Cas9 per distruggere i geni di HIV integrati in cellule umane ((FIH - First in Human Study).




Perché il protocollo preveda che i partecipanti siano solo uomini-nati-uomini, non lo si spiega (immagino per essere sicuri al di là di ogni dubbio che non ci sia rischio di gravidanze, ma qualche parola in merito non mi sarebbe dispiaciuta).

[giovane888]

forse qualche buona notizia sarà presentata:
https://www.globenewswire.com/news-rele ... eting.html

Non conoscevo questo meeting: https://asgct.org/
forse dora saprà dirci di più e se già in passato sono stati discussi argomenti relativi all'hiv.
Ovviamente tutto con i piedi di piombo.

[Dora]

forse qualche buona notizia sarà presentata:
https://www.globenewswire.com/news-rele ... eting.html

È un poster in cui si presenta uno studio PREclinico sugli effetti off target dell'EBT-101. Mi pare un pezzettino della tanta ricerca che si deve fare attorno a un farmaco o un trattamento che si porta in fase clinica. Io non posso che augurarmi che davvero di effetti off target in vivo non ce ne siano (che è una cosa un po' diversa dal costruire un modello che dice che non ce ne saranno), perché come abbiamo spiegato tante volte possono essere fonte di guai molto seri.

Non conoscevo questo meeting: https://asgct.org/
forse dora saprà dirci di più e se già in passato sono stati discussi argomenti relativi all'hiv.

Beh ... sì.
È il congresso annuale della American Society of Gene & Cell Therapy (ASGCT). Proprio perché si tiene ogni anno e la ricerca genetica è parte da molti anni della ricerca di una cura di HIV, capita spesso che qualche studio su HIV venga presentato al congresso della Società Americana di Terapia Genica & Cellulare.

[Dora]

Su Nature Biotechnology è appena stato pubblicato uno studio in vivo, nei topi, di ricercatori della Tel Aviv University, sull'editing genetico mediante CRISPR dei linfociti B per renderli capaci di produrre il potente anticorpo ad ampio spettro (bNAb) 3BNC117 - pare con alta produzione di anticorpo e minimi effetti off target e con il grande vantaggio di iniettare direttamente le CRISPR nel corpo dei topi (usando come vettori dei virus resi innocui) e di non dover loro prelevare le cellule e modificarle all'esterno per poi reintrodurle:

In vivo engineered B cells secrete high titers of broadly neutralizing anti-HIV antibodies in mice

Articolo divulgativo sul Jerusalem Post, che riprende il comunicato stampa della Tel Aviv University:

Groundbreaking treatment for HIV/AIDS developed by Israeli research team

In un lavoro del 2020 Adi Barzel e collaboratori avevano dimostrato che i linfociti B possono essere modificati geneticamente e addestrati a produrre specifici anticorpi. L'avevano fatto lavorando su cellule al di fuori del corpo, mentre il notevole passo avanti del lavoro di oggi è quello di avere portato le CRISPR a modificare i linfociti dentro il corpo, rendendo la procedura dell'editing estremamente meno macchinosa.

Maggiori dettagli in questo thread di Alessio Nahmad, il primo autore del lavoro:





Un tipo di ricerca abbastanza diverso da quelli di cui siamo soliti parlare in questo thread, e che naturalmente deve ancora passare diverse fasi di studio, ma che apre un altro filone di applicazione della terapia genica per la cura di HIV (e di molto altro, se si rivelerà percorribile - da altre infezioni, a malattie autoimmuni, a cancro - ovunque servano gli anticorpi).

[giovane888]

Su Nature Biotechnology è appena stato pubblicato uno studio in vivo, nei topi, di ricercatori della Tel Aviv University, sull'editing genetico mediante CRISPR dei linfociti B per renderli capaci di produrre il potente anticorpo ad ampio spettro (bNAb) 3BNC117 - pare con alta produzione di anticorpo e minimi effetti off target e con il grande vantaggio di iniettare direttamente le CRISPR nel corpo dei topi (usando come vettori dei virus resi innocui) e di non dover loro prelevare le cellule e modificarle all'esterno per poi reintrodurle:

In vivo engineered B cells secrete high titers of broadly neutralizing anti-HIV antibodies in mice

Articolo divulgativo sul Jerusalem Post, che riprende il comunicato stampa della Tel Aviv University:

Groundbreaking treatment for HIV/AIDS developed by Israeli research team

In un lavoro del 2020 Adi Barzel e collaboratori avevano dimostrato che i linfociti B possono essere modificati geneticamente e addestrati a produrre specifici anticorpi. L'avevano fatto lavorando su cellule al di fuori del corpo, mentre il notevole passo avanti del lavoro di oggi è quello di avere portato le CRISPR a modificare i linfociti dentro il corpo, rendendo la procedura dell'editing estremamente meno macchinosa.

Maggiori dettagli in questo thread di Alessio Nahmad, il primo autore del lavoro:





Un tipo di ricerca abbastanza diverso da quelli di cui siamo soliti parlare in questo thread, e che naturalmente deve ancora passare diverse fasi di studio, ma che apre un altro filone di applicazione della terapia genica per la cura di HIV (e di molto altro, se si rivelerà percorribile - da altre infezioni, a malattie autoimmuni, a cancro - ovunque servano gli anticorpi).

Quando parlano di trovare nuove e più "creative" strade per aggredire il virus e renderlo quanto più innocuo possibile, credo si riferiscano a questo tipo di approcci. Ed immagino una "crispr" più sicura, almeno come approccio.
Che si va ad aggiungere alle altre strade, anticorpi ampiamente neutralizzanti, agenti inversioni della latenza, eccetera eccetera.

Inoltre, crispr, che è una delle scoperte scientifiche più importanti di questo decennio, è uno strumento che potrebbe essere la svolta per tantissime malattie. Tanto potente quanto da usare con i guanti.

Una mia personale riflessione: prima del 1996 semplicemente non esisteva trattamento e la gente semplicemente moriva, le terapie mono allungavano di qualche anno la vita. Dal 1996, tramite una'pproccio combinato (cosa è la terapia antiretrovirale se non un approccio combinato), c'è stato un crollo drammatico della letalità in pochissimi anni. Ci sono voluti tuttavia molti anni affinche decine di milioni di persone ricevettero la terapia.

Ma cosa è la terapia antiretrovirale se non un approccio di farmaci con azioni diverse. Cosa è la cura funzionale o una remissione a lungo termine se non una combinazione di anticorpi neutralizzanti, magari lenacapavir in aggiunta o vaccini terapeutici, agenti inversione della latenza, terapia genica (magari una forma più sicura, da quanto possa capire, della modifica dei linfociti b). eccetera eccetera.

Non ho capito però se questi topi (che presumo sempre di tipo "umanizzato") siano andati in remissione o cura, come ad esempio (anche se non sbaglio non tutti) quanto accadde per excision con le sue prove pre-cliniche erano sempre topi umanizzati o macachi Rhesus.

Da quel che ho capito, è comunque un traguardo importante anche se l'essere umano è tutt'altra cosa. Ma sempre, o spesso, da lì bisogna passare. Come abbiamo detto per l'azt. Difficile pensare che una terapia funzioni per l'uomo ma non per gli animali da laboratorio (infatti mi domando sempre se la via obbligata siano sempre gli animali nel caso non si dimostri efficace con loro ma con gli umani sì).

Sono solo alcune riflessioni, anche se credo mi entusiasmano nuove strade e questa rappresenti una nuova via, almeno come concetto. Spero che crispr sia uno strumento, da quello che posso capire, estremamente potente. E magari un giorno, come dicono giornalisticamente, diventare la pallottola d'argento per uccidere il vampiro o licantropo.

[giovane888]

qui comunque è uscita la videoconferenza:
https://wsw.com/webcast/jeff240/exci/1836825
disponibile anche sul sito internet
qui un mini riassunto in pdf:
https://www.excision.bio/_files/ugd/80a ... 1e6312.pdf
Solo ora leggo che ci stanno lavorando da un bel po', dal 2014 e stanno lavorando anche per herpes e epatite b.