CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

Ricerca scientifica finalizzata all'eradicazione o al controllo dell'infezione.
Dora
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

Messaggio da Dora » mercoledì 15 giugno 2022, 5:18

giovane888 ha scritto:
martedì 14 giugno 2022, 17:29
Non ho capito però se questi topi (che presumo sempre di tipo "umanizzato") siano andati in remissione o cura
I topi non sono stati infettati, quello immagino sarà un passo successivo della ricerca. Il senso di questo lavoro era dimostrare che è possibile iniettare le CRISPR e fare in modo che raggiungano i linfociti B disseminati nei tessuti di un corpo vivo e li modifichino come previsto.
Ho postato il thread di Nehmad su Twitter proprio perché l'articolo è dietro paywall e lui spiega che cosa hanno fatto.


giovane888 ha scritto:
martedì 14 giugno 2022, 18:39
qui comunque è uscita la videoconferenza:
https://wsw.com/webcast/jeff240/exci/1836825
disponibile anche sul sito internet
qui un mini riassunto in pdf:
https://www.excision.bio/_files/ugd/80a ... 1e6312.pdf
Solo ora leggo che ci stanno lavorando da un bel po', dal 2014 e stanno lavorando anche per herpes e epatite b.
Il webcast è una conferenza per investitori. Non racconta nulla che già non sapessimo sulle sperimentazioni dell'EBT-101.
Quello che chiami "mini riassunto in PDF", invece, è il poster presentato al congresso ASGCT del mese scorso, che hai segnalato tu e di cui abbiamo già parlato. Dice che non hanno trovato effetti off target. Bene, ottima notizia, speriamo valga in vivo e su tutto il genoma quello che hanno visto in vitro in alcune porzioni.

Perché dici che solo ora scopri che lavorano dal 2014 sull'EBT-101? Non hai letto questo thread, che è iniziato proprio con il lavoro di Khalili del 2014? Eppure ci sei intervenuto più volte ...



giovane888
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

Messaggio da giovane888 » mercoledì 15 giugno 2022, 22:43

credevo fosse leggermente più recente, tipo 2016-2017.
Infatti su nature, venne dichiarata tra gli eventi che hanno plasmato il 2015:
https://www.nature.com/articles/528448a

comunque leggendo articoli come questo:
https://www.iltascabile.com/scienze/la- ... ne-crispr/
vengono divulgati al pubblico come sia complicata e lunga e persino difficile da comprendere a chi affidare la paternità della scoperta, da molti reclamata.

Sì mi era sfuggita la data del primo post. Avevo trovato anche un articolo (una intro) del mercato del crispr:
https://www.rootsanalysis.com/reports/c ... arket.html
peccato costi 6000 dollari. È un po' nerd, ma capire chi e quanto investirà in questo campo, quali sono gli attori in gioco e quanto il mercato crede nelle sue applicazioni. È una cosa interessante perchè gli investimenti determinano anche la velocità con cui si svilupperanno le soluzioni.

Il covid, senza massicci investimenti, o con gli investimenti che ha oggi l'hiv nella ricerca avrebbe impiegato decenni. La sfida è molto più difficile, ma gli introiti, ovvero i guadagni, neanche troppo dissimili.

qui invece sì parla di gilead e del fatto, proprio come accaduto per Pfizer biontech, molte startup bio tecnologiche possano essere molto più snelle e veloci di quelle grandi:
https://www.nasdaq.com/articles/this-co ... 2020-11-22

curiosità:
ho trovato per caso un kit di biologia molecolare crispr cas9, che è stato vietato in molti stati, o vendoto kit per apprendimento di laboratori domestici di ingegneria genetica.
https://www.the-odin.com/diy-crispr-kit/



Dora
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

Messaggio da Dora » giovedì 16 giugno 2022, 7:40

giovane888 ha scritto:
mercoledì 15 giugno 2022, 22:43
curiosità:
ho trovato per caso un kit di biologia molecolare crispr cas9, che è stato vietato in molti stati, o vendoto kit per apprendimento di laboratori domestici di ingegneria genetica.
https://www.the-odin.com/diy-crispr-kit/
Sì, l'uso di CRISPR è relativamente semplice, tanto da avere spinto alcuni biohacker a utilizzarle su di sè, con scarso successo e addirittura con esiti tragici (anche se non direttamente determinati dalle CRISPR):

Prima puntata

Seconda puntata

Terza puntata



giovane888
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

Messaggio da giovane888 » giovedì 16 giugno 2022, 12:05

Dora ha scritto:
giovedì 16 giugno 2022, 7:40
giovane888 ha scritto:
mercoledì 15 giugno 2022, 22:43
curiosità:
ho trovato per caso un kit di biologia molecolare crispr cas9, che è stato vietato in molti stati, o vendoto kit per apprendimento di laboratori domestici di ingegneria genetica.
https://www.the-odin.com/diy-crispr-kit/
Sì, l'uso di CRISPR è relativamente semplice, tanto da avere spinto alcuni biohacker a utilizzarle su di sè, con scarso successo e addirittura con esiti tragici (anche se non direttamente determinati dalle CRISPR):

Prima puntata

Seconda puntata

Terza puntata
ovviamente come tutti gli strumenti ci sono gli stolti e le aziende che non hanno nè capo nè coda. Io appena l'ho visto ho pensato a chi inizia da poco da studente o è nel campo, come un kit di studio, non come un vero laboratorio. Come tutti gli strumenti, dipende dall'uso che se ne fa.

Un'altra curiosità che magari mi è sfuggita: ma crispr ha mai dimostrato effetti in trial clinici sulle persone oltre l'hiv:
Oggi su pharmastar hanno pubblicato questo:
https://www.pharmastar.it/pharmastartv/ ... rmine-8968

immagino siano dati clinici, ma anche molto avanzati. Esistono altre categorie così avanzate nelle sperimentazioni?
Non sapevo cosa fosse la beta talassemia falciforme, ma per chi c'è l'ha, non deve passarsela proprio bene.
E spesso le sperimentazioni in altri campi crispr si riverberano, spero anche in altri campi. Penso ad esempio il cancro (azt o keytruda), alla lamivudina che è utilizzata per trattare l'epatite b, gli stessi inibitori della proteasi Remdesivir usati per trattare ebola e poi per il covid.

È interessante notare che scoperte e anche grossi investimenti siano stati fatti per malattie completamente diverse per poi riversarsi in altri campi che casualmente ne hanno beneficiato, forse anche di più del campo d'investigazione.

Un termine che calza a pennello è serendipità:



Dora
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

Messaggio da Dora » giovedì 16 giugno 2022, 14:43

giovane888 ha scritto:
giovedì 16 giugno 2022, 12:05
Oggi su pharmastar hanno pubblicato questo:
https://www.pharmastar.it/pharmastartv/ ... rmine-8968

immagino siano dati clinici, ma anche molto avanzati. Esistono altre categorie così avanzate nelle sperimentazioni?
Avanzati come quelli sulla β-talassemia e quelli sull'anemia falciforme, no. Ce n'è uno in fase III per la prima e due in fase III per la seconda (che in inglese è Sickle Cell Disease - SCD), poi diversi trial di fase II. Sono le malattie in cui l'approvazione di una terapia genica con CRISPR è più vicina.
Ma guarda quanti trial sono in corso, su quante patologie (e quanti sono almeno in fase I per HIV):

https://crisprmedicinenews.com/clinical-trials/
Non sapevo cosa fosse la beta talassemia falciforme, ma per chi c'è l'ha, non deve passarsela proprio bene.
Hai ragione l'anemia falciforme, è una malattia tremenda, dolorosissima. E il fatto che colpisca prevalentemente persone di origine africana ha rallentato la ricerca. La β-talassemia (o anemia mediterranea) è anche lei una patologia ereditaria dei globuli rossi, ma non è la stessa cosa.



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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

Messaggio da giovane888 » giovedì 16 giugno 2022, 23:07

Dora ha scritto:
giovedì 16 giugno 2022, 14:43
giovane888 ha scritto:
giovedì 16 giugno 2022, 12:05
Oggi su pharmastar hanno pubblicato questo:
https://www.pharmastar.it/pharmastartv/ ... rmine-8968

immagino siano dati clinici, ma anche molto avanzati. Esistono altre categorie così avanzate nelle sperimentazioni?
Avanzati come quelli sulla β-talassemia e quelli sull'anemia falciforme, no. Ce n'è uno in fase III per la prima e due in fase III per la seconda (che in inglese è Sickle Cell Disease - SCD), poi diversi trial di fase II. Sono le malattie in cui l'approvazione di una terapia genica con CRISPR è più vicina.
Ma guarda quanti trial sono in corso, su quante patologie (e quanti sono almeno in fase I per HIV):

https://crisprmedicinenews.com/clinical-trials/
Non sapevo cosa fosse la beta talassemia falciforme, ma per chi c'è l'ha, non deve passarsela proprio bene.
Hai ragione l'anemia falciforme, è una malattia tremenda, dolorosissima. E il fatto che colpisca prevalentemente persone di origine africana ha rallentato la ricerca. La β-talassemia (o anemia mediterranea) è anche lei una patologia ereditaria dei globuli rossi, ma non è la stessa cosa.
Sì qui fanno un resoconto di quello che è accaduto
https://www.fondazioneveronesi.it/magaz ... rispr-cas9


molto sorpreso dall'elenco pulito e chiaro dei trattamenti in corso dei trattamenti crispr. Ho alcune piacevoli riflessioni:
- l'hiv è il primo o il secondo per il numero di trial in corso, sintomo che: può essere davvero una strada promettente,

- c'è concorrenza quindi più "pallottole d'argento", ci sono e spero immagino molti più soldi nel piatto e molti più soldi investiti;
- più probabilità che ne possano nascere, qualora si rivelasse promettente, prezzi più competitivi così come è successo per il covid,

- la competizione spesso aguzza l'ingegno e quindi possano nascere anche altre vie (vedi linfociti b);

- il potenziale di introiti essendo una malattia con un milione di persone in usa, un milione e passa in europa (quindi mercati ricchi) e anche asiatici e giapponesi pone gli investitori a investire e fare round di investimento molto più corposi, ergo più attrezzature, più personale, maggiore velocità;

Quindi speriamo, almeno anche in altre malattie come l'anemia falciforme e la beta talassemia (le ho scritte insieme ma sono due diverse), offra una cura per loro. Dai risultati per il loro campo, sembrano estremamente incoraggianti. Peccato, come riporti il sito che il costo ad oggi sia di un milione di euro. Ma esistono comunque alcuni stati "benestanti" tra cui anche l'Italia, che hanno qualche migliaio di pazienti. Per loro, viste le prospettive, sarei molto entusiasta.



Dora
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

Messaggio da Dora » sabato 1 ottobre 2022, 5:27

Un riconoscimento importante: Excision BioTherapeutics ha ricevuto un molto consistente finanziamento - di 6,8 milioni di dollari - dal California Institute for Regenerative Medicine (CIRM) per continuare la sperimentazione clinica dell EBT-101.



Questa, per me, è un'ottima notizia non solo perché assicura la serena continuazione della sperimentazione, ma anche perché il CIRM, che deve rendere conto ai cittadini della California, è in genere molto attento a come i suoi finanziamenti vengono utilizzati, quindi Khalili e colleghi, che lo scorso luglio hanno trattato il primo paziente, avranno un controllo dall'esterno particolarmente stretto.



ninconanco
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

Messaggio da ninconanco » sabato 8 ottobre 2022, 19:11

Buonasera. Volevo chiedere per quando sono previsti i primi risultati di questo studio, ricordo che in estate è iniziata la sperimentazione sull'uomo.



Dora
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

Messaggio da Dora » sabato 8 ottobre 2022, 20:18

ninconanco ha scritto:
sabato 8 ottobre 2022, 19:11
Buonasera. Volevo chiedere per quando sono previsti i primi risultati di questo studio
In base al protocollo, tra un paio d'anni almeno. Ma sicuramente ci saranno anticipazioni ai prossimi congressi (e, data la capacità autopromozionale di chi sta conducendo la sperimentazione, anche una lunga sequela di comunicati stampa).

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Dora
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

Messaggio da Dora » mercoledì 3 maggio 2023, 6:09

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LASER-ART, CRISPR e un successo al 60% nell'eradicare l'HIV da topi umanizzati

Il I maggio sui Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), Kamel Khalili ha pubblicato un secondo lavoro di collaborazione con Howard Gendelman su cART a rilascio prolungato e terapia genica mediante CRISPR dopo quello del 2019 su Nature Communications:

CRISPR editing of CCR5 and HIV-1 facilitates viral elimination in antiretroviral drug-suppressed virus-infected humanized mice.

La principale novità di questo secondo lavoro, quella che presumibilmente ha consentito di vedere un più consistente successo nell'eradicazione del virus dai topi, è un raddoppiamento dell'approccio con CRISPR: non più un solo RNA guida diretto contro il gene Gag dell'HIV integrato nel genoma dei CD4 latentemente infetti, ma due gRNA trasportati da AAV6 - uno sempre contro il gene virale, l'altro contro il gene ccr5, che permette l'espressione del co-recettore CCR5 sulla membrana dei CD4, seconda "porta d'accesso" per il virus all'interno della cellula.

La LASER-ART [long-acting slow-effective release (LASER) antiretroviral therapy (ART)] è stata sviluppata nel laboratorio di Gendelman presso la University of Nebraska specificamente per questo modello di topi umanizzati (CD34-NSG), si compone di cabotegravir, lamivudina, e abacavir in combinazione con rilpivirina, e permette di mantenere a lungo basse viremie con poche somministrazioni dei farmaci.
Mentre solo la LASER-ART e solo le CRISPR (da sole o in combinazione) non hanno permesso di eradicare il virus nei diversi gruppi di controllo di questi esperimenti, quando il protocollo della sperimentazione è stato completo e questo complesso regime di antiretrovirali è stato seguito dall'intervento delle dual-CRISPR in topi stabilmente infettati da un virus altamente patogenico e CCR5-tropico, si è assistito prima alla soppressione della viremia, poi al ritorno alla normalità del numero dei CD4, e infine all'eliminazione di virus capace di replicazione in quasi il 60% dei topi (11 su 19).
Né nel sangue né nei tessuti (dal cervello ai linfonodi nell'intestino, nella milza o nel fegato) si sono trovate cellule contenenti virus infettivo.
Il follow up non è stato lunghissimo, 11 settimane (ma pur sempre di topi si tratta), ma sufficiente per non osservare alcun rebound delle viremie nei topi curati.
Quando poi si sono prelevati CD4 dai topi trattati e si è tentato di infettare topi HIV negativi, nessun topo si è infettato, a conferma che il reservoir di HIV capace di riattivarsi e di ricominciare a replicarsi era stato eliminato.
Non sono state osservate tossicità, né è stato possibile rilevare alcun effetto off target.
Per il 40% dei topi che non hanno visto la scomparsa del virus si ipotizza che il vettore AAV6 che portava le dual CRISPR non sia arrivato proprio in tutti i tessuti dove doveva arrivare.

La conclusione di Khalili, Gendelman e colleghi è che l'editing genetico mediante CRISPR che colpisca sia il CCR5 dell'ospite, sia l'LTR-Gag del virus mentre la replicazione virale è ben controllata dalla cART può portare all'eliminazione dei reservoir di HIV sia nel sangue, sia, soprattutto, nei tessuti.

Gli autori vedono nei loro risultati un potenziale di passaggio agli studi clinici, ma i topi umanizzati non sono proprio il massimo, come modello di eradicazione di HIV, quindi tra i co-autori del lavoro sui PNAS troviamo anche Trisha Burdo, anche lei alla Katz School of Medicine della Temple University come Khalili, grande esperta di modelli di primati non-umani e dell'uso di CRISPR per la rimozione del DNA di SIV dalle cellule delle scimmie. A lei spetterà sperimentare queste dual CRISPR nelle scimmie.
Speriamo il più presto possibile.



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