Endonucleasi di homing, ricombinasi-Tre: il sogno più bello

Ricerca scientifica finalizzata all'eradicazione o al controllo dell'infezione.
Dora
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Re: Endonucleasi di homing, ricombinasi-Tre: il sogno più be

Messaggio da Dora » giovedì 19 dicembre 2013, 14:38

nordsud ha scritto:
Dora ha scritto: Inoltre, Hauber specifica che la fase decisiva - quella della sperimentazione clinica - difficilmente potrà aver luogo in Germania, perché
  • "The potential is not being used," he said, claiming that pharmaceutical companies have until now shown little interest in investing in potential cures for Aids."
Quindi Hauber e Buchholtz si stanno attivando per cercare finanziamenti sia pubblici, sia privati, per poter continuare a lavorare.

Mi è venuto in mente Andrea Savarino.
Urca.. adesso chi griderà che le grosse multinazionali tengono la cura dentro il cassetto non potrà più essere bollato come demente per definizione.
Non so, questa è la versione di Hauber e a me dà un poco l'idea di uno molto arrabbiato perché non sa come continuare la sua ricerca (MERAVIGLIOSA, sia chiaro, una delle più affascinanti ricerche in cui io mi sia mai imbattuta) e pensa che tutto il mondo ruoti proprio attorno a lui e che Big Pharma complotti proprio contro di lui.
Però ammetto che la mia tendenza alla paranoia è così scarsa, che può anche essere vista come ingenuità patologica.

L'impressione che ho io è che alcune grandi industrie farmaceutiche stiano seguendo la loro propria strategia di eradicazione (e che la via delle endonucleasi di homing sia ancora così immatura da non far sperare in grossi profitti per i prossimi anni).
Vedi Merck con il suo archivio di sostanze anti-latenza e i trial sul vorinostat (a Miami, Daria Hazuda ha parlato degli inibitori della transferasi di Farnesyl, una intera nuova classe di sostanze che sembrano in grado di riattivare la trascrizione del virus, senza però riattivare in massa i CD4; pare, inoltre, che alcuni di questi composti lavorino bene in sinergia con il vorinostat).
Sulla via all'eradicazione secondo BMS sto per scrivere un post proprio adesso e conto di pubblicarlo entro il weekend (QUI).



Dora
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Re: Endonucleasi di homing, ricombinasi-Tre: il sogno più be

Messaggio da Dora » sabato 31 gennaio 2015, 10:27

Dora ha scritto:Prima che la Tre possa essere usata in sperimentazioni sugli uomini, devono essere risolti alcuni problemi. In particolare:
  • 1. Inizialmente, la ricombinasi-Tre è stata progettata contro un ceppo specifico di HIV-1: il sottotipo A. Perché serva davvero, bisogna riuscire a farle riconoscere la maggioranza di ceppi e varianti di HIV-1 e il fatto che molto di recente siano state identificate delle sequenze altamente conservate dell’LTR dell’HIV-1 permetterà di costruire delle ricombinasi-Tre avanzate, che colpiranno uno spettro molto vasto di sottotipi virali.

    2. Il trattamento con la Tre potrebbe selezionare dei virus resistenti, con una mutazione nell’LTR che li renda immuni all’azione della Tre. Anche in questo caso, l’avere identificato sequenze degli LTR che si ritrovano identiche in tante sottospecie di virus dovrebbe permettere di evitare il problema delle resistenze.

    3. Poiché tutte le terapie geniche si portano appresso il rischio di effetti citopatici causati dai vettori lentivirali che si devono usare per portare gli enzimi fino al luogo in cui possono agire e che continuano ad esprimere dei transgeni estranei all’organismo ospite (con possibili effetti immunogeni associati agli antigeni virali), la Tre è stata costruita in modo che il vettore che la trasporta si disattivi da solo nel momento in cui ha completato la propria funzione. Il problema è che questo vettore utilizza la Tat, che viene espressa soltanto in cellule produttivamente infette. Questo impedisce l’asportazione del provirus nelle cellule latentemente infette.


Per usare la ricombinasi-Tre in una strategia di cura eradicante ci sono dunque due strade (e mezzo): o si riesce a costruirne una che non si serva della Tat; o si scopre qualche livello residuo di Tat nelle cellule quiescenti latentemente infette cui “agganciarsi” per permettere l’espressione della Tre anche all’interno dei reservoir; oppure si inserisce la Tre in una strategia più complessa, che preveda anche l’uso di sostanze antilatenza per ripulire i reservoir.
Immagine

DALLA RICOMBINASI-TRE ALLA RICOMBINASI-uTRE (UNIVERSAL-TRE):
una ricombinasi in grado di estrarre molte e diverse varianti di HIV-1 e non soltanto il ceppo A



A più di un anno dalla confessione pubblica che erano a corto di fondi e dall’appello di Jürgen Rockstroh, presidente della German AIDS Society, a non far morire una ricerca così bella, Frank Buchholz e Joachim Hauber continuano ad avere problemi a trovare finanziamenti - ma in qualche modo il loro lavoro va avanti.

Hanno così potuto portare un aggiornamento a HIV Drug Therapy, che si è tenuto a Glasgow alla fine di ottobre, il cui abstract è stato pubblicato sul supplemento di novembre di JIAS: Universal Tre (uTre) recombinase specifically targets the majority of HIV-1 isolates (il poster, invece, è pubblicato nel sito del congresso).

L’aggiornamento, in breve, consiste nella costruzione di una ricombinasi-Tre applicabile alla quasi totalità dei sottotipi e varianti di HIV: una ricombinasi Tre universale, appunto.
Utilizzando lo sterminato HIV Sequence Database di Los Alamos alla ricerca di una sequenza negli LTR (Long Terminal Repeats) del provirus dell’HIV che fosse altamente conservata, cioè presente nel maggior numero possibile di varianti del virus, e potesse servire da obiettivo “universale” per l’azione del loro enzima, i ricercatori di Dresda hanno trovato un candidato – chiamato loxLTRu – conservato in media nel 94% dei tre maggiori sottotipi di HIV-1 (A, B e C).

Immagine

  • 1. Hanno dunque potuto evolvere la ricombinasi-Tre verso la sua forma universale in modo da renderla capace di colpire loxLTRu con un’altissima specificità (solo quel punto, gli effetti off target sono da evitare come la peste – e non se ne sono visti).
    2. E hanno visto che colpisce anche varianti virali che presentano naturalmente singole mutazioni nella sequenza loxLTRu.
    3. Quando hanno geneticamente modificato dei topi in modo che esprimessero la uTre, i topini hanno avuto un ciclo di vita normale, senza manifestare alcun fenotipo indesiderato.
    4. Hanno poi testato la uTre sia su Jurkat cells, sia su linfociti T umani primari (cioè non su linee cellulari perpetuate in laboratorio) di persone con HIV e non hanno costatato effetti citopatici o genotossici, mentre ne hanno potuto dimostrare l’attività antivirale.


Immagine


I primi due problemi della ricombinasi-Tre ricordati nella citazione che ha dato inizio a questo post paiono dunque essere stati risolti.
Ora c’è da affrontare il problema probabilmente più difficile: il fatto che il vettore utilizzato per trasportare la uTre nelle cellule si serve della proteina Tat dell’HIV, che non viene espressa dalle cellule latentemente infette. O si cambia vettore, o si trova anche un’ombra di Tat cui attaccarsi.



DATEGLI DEI FINANZIAMENTI, A QUESTI BENEDETTI UOMINI! - Sommessa invocazione di Dora



Blast
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Re: Endonucleasi di homing, ricombinasi-Tre: il sogno più be

Messaggio da Blast » sabato 31 gennaio 2015, 11:53

Mi domando come sia possibile che non si riescano a trovare fondi per questi promettenti studi, con tutte le associazioni per la lotta all'aids che ci sono in germania, oltre al fatto che i max planck institute non sono neanche gli ultimi dei poveracci, essendo tra l'altro centri privati. E si danno invece soldi a improbabili studi senza alcuna speranza per il futuro.


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Keanu
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Re: Endonucleasi di homing, ricombinasi-Tre: il sogno più be

Messaggio da Keanu » sabato 31 gennaio 2015, 12:30

A mio modesto parere è la ricerca genica più all'avanguardia che abbia letto e,sì hai ragione, merita tutto il finanziamento necessario, perché manca l'ultimo tassello: colpire le cellule latentemente infette.
Dora,dalla slide che hai postato mi sembra di capire che l'enzima della uTRE, penetrato nella cellula infetta, tagli la sequenza del DNA provirale e poi...? Il provirus viene rigettato fuori dalla cellula produttivamente infetta ma poi come viene distrutto una volta fuori dalla membrana cellulare? Questa strategia di cura dovrebbe sempre essere supportata dalla ART per impedire nuovi cicli infettivi e sempre che si trovi il modo di applicarla anche alle cellule latentemente infette? Si dovrà puntare anche qui ad un rafforzamento degli effetti citolitici dei CD8?
Mi sembra di capire che senza Tat come vettore la strategia non funzionerebbe,perché Tat è uno dei rari transattivatori che legano l'RNA virale,anziché il DNA. Ho letto qui "Il transattivatore promuove la fase di allungamento della trascrizione del provirus di HIV, così da poter produrre l'intero trascritto. In assenza di Tat, HIV genera solo piccoli trascritti e non è in grado di codificare tutte le proteine che servono per la sua sopravvivenza ed infezione."



Blast
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Re: Endonucleasi di homing, ricombinasi-Tre: il sogno più be

Messaggio da Blast » sabato 31 gennaio 2015, 13:12

non credo il provirus venga "rigettato" fuori dalla membrana cellulare, piuttosto probabilmente andrà in contro a degradazione da parte delle nucleasi cellulari


CIAO GIOIE

Dora
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Re: Endonucleasi di homing, ricombinasi-Tre: il sogno più be

Messaggio da Dora » sabato 31 gennaio 2015, 13:14

Blast ha scritto:E si danno invece soldi a improbabili studi senza alcuna speranza per il futuro.
È proprio di questa ingiustizia che non riesco a darmi pace. Una boiata come il "vaccino terapeutico per i bambini", fallito già in una coorte di adulti nel 2011, oppure il vaccino Tat, di cui non sto a ricordare i fallimenti, riceve finanziamenti dalla UE come rete d'eccellenza. Invece una ricerca magnifica, condotta da persone di provata serietà, annaspa per mancanza di fondi.

Keanu ha scritto:Dora,dalla slide che hai postato mi sembra di capire che l'enzima della uTRE, penetrato nella cellula infetta, tagli la sequenza del DNA provirale e poi...? Il provirus viene rigettato fuori dalla cellula produttivamente infetta ma poi come viene distrutto una volta fuori dalla membrana cellulare?
La uTre taglia la sequenza di DNA dell'HIV e poi basta. Non c'è bisogno che accada alto, perché il virus è disattivato e il resto del genoma della cellula rimane intatto, con la cellula che funziona normalmente, curata. Questo è l'aspetto che io trovo meraviglioso della ricombinasi-Tre.
Questa strategia di cura dovrebbe sempre essere supportata dalla ART per impedire nuovi cicli infettivi e sempre che si trovi il modo di applicarla anche alle cellule latentemente infette? Si dovrà puntare anche qui ad un rafforzamento degli effetti citolitici dei CD8?
Ti riporto un brano di un post di qualche tempo fa:
Dora ha scritto:L’ERADICAZIONE – COME LA VEDONO BUCHHOLTZ E HAUBER

Da quanto detto finora, si può immaginare che finché la ricombinasi-Tre non sarà libera dal vincolo della Tat da sola riuscirà a fare poco. L’idea è dunque di combinare insieme trattamenti farmacologici, vaccinazioni terapeutiche e terapia genica: le terapie geniche modificano le cellule del sistema immunitario in modo da renderle resistenti all’HIV. A sua volta, questo contribuisce a migliorare le risposte immuni del paziente che, in sinergia con farmaci anti-latenza che hanno il compito di diminuire le dimensioni dei reservoir, distruggono le cellule latentemente infette rimaste.
In sostanza, un approccio che vede la combinazione della ricombinasi-Tre con HDACi come il SAHA, che rimodellano la cromatina attivando il provirus latente, e naturalmente la ART, che impedisce infezioni de novo durante la riattivazione del reservoir di virus latente.
Dal momento però che si è visto che riattivare il virus latente non basta per distruggere le cellule infette, anche l’intervento di un vaccino terapeutico che rinforzi le reazioni citolitiche dei CD8 sarebbe il benvenuto.
Mi sembra di capire che senza Tat come vettore la strategia non funzionerebbe,perché Tat è uno dei rari transattivatori che legano l'RNA virale,anziché il DNA.
No, il problema è che la Tat viene espressa sulla membrana delle cellule in cui l'infezione è attiva, invece le cellule latentemente infette non mandano all'esterno nessun segnale del fatto che non sono sane. Quindi, se tu hai un vettore che ha bisogno di agganciarsi alla Tat per portare all'interno della cellula la tua endonucleasi, il tuo vettore funziona soltanto contro cellule produttivamente infette - quelle latentemente infette non le vede proprio.
Quindi, come dicevo, o si trova il modo di riconoscere che una cellula è latentemente infetta e non sana (qualche anche minimissima espressione della Tat, o qualsiasi altra cosa), oppure questa tecnologia meravigliosa (e altre, su una delle quali discutevamo con Blast proprio ieri) non puoi utilizzarla per colpire il reservoir di HIV latente.

Io sto aspettando di vedere se la Una O'Doherty va avanti con la sua idea che i CD4 quiescenti (alcuni, almeno) producono antigeni Gag, perché quello potrebbe costituire un marker per riconoscere le cellule latentemente infette. Però mi pare che di novità non ce ne siano.
Se volete dare un'occhiata ai due lavori della O'Doherty, sono questi:



Keanu
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Re: Endonucleasi di homing, ricombinasi-Tre: il sogno più be

Messaggio da Keanu » sabato 7 febbraio 2015, 11:46

Dora ha scritto:La uTre taglia la sequenza di DNA dell'HIV e poi basta. Non c'è bisogno che accada alto, perché il virus è disattivato e il resto del genoma della cellula rimane intatto, con la cellula che funziona normalmente, curata. Questo è l'aspetto che io trovo meraviglioso della ricombinasi-Tre.
No, il problema è che la Tat viene espressa sulla membrana delle cellule in cui l'infezione è attiva, invece le cellule latentemente infette non mandano all'esterno nessun segnale del fatto che non sono sane. Quindi, se tu hai un vettore che ha bisogno di agganciarsi alla Tat per portare all'interno della cellula la tua endonucleasi, il tuo vettore funziona soltanto contro cellule produttivamente infette - quelle latentemente infette non le vede proprio.
Quindi, come dicevo, o si trova il modo di riconoscere che una cellula è latentemente infetta e non sana (qualche anche minimissima espressione della Tat, o qualsiasi altra cosa), oppure questa tecnologia meravigliosa (e altre, su una delle quali discutevamo con Blast proprio ieri) non puoi utilizzarla per colpire il reservoir di HIV latente.

Io sto aspettando di vedere se la Una O'Doherty va avanti con la sua idea che i CD4 quiescenti (alcuni, almeno) producono antigeni Gag, perché quello potrebbe costituire un marker per riconoscere le cellule latentemente infette. Però mi pare che di novità non ce ne siano.
Grazie per le delucidazioni Dora. Immaginavo che un rafforzamento dei CD8 è imprescindibile per il traguardo dell'eradicazione, ma a quanto leggo dai tuoi ultimi post sul vaccino di Picker, ci sono fortissimi dubbi che abbia ottime chances. Per quanto riguarda questa ricerca di Dresda, quindi l'ultimo ostacolo sarebbe riconoscere le cellule latentemente infette, e se la O'Doherty avesse ragione,la uTre potrebbe utilizzare la Gag come vettore per tagliare il DNA provirale in queste cellule.Be',magariiiiii! Dora, lessi da qualche parte che il problema delle cellule latentemente infette è che non sono riconoscibili,non per qualche strategia adottata dall'HIV per "nascondersi" all'attacco immunitario(poi senza lasciare alcun segno proteico della sua integrazione con la cellula? :roll: ), ma perché alcuni tipi di cellule si disattivano da sole una volta infettate. E' vero? Si è capito perché c'è questa differenza tra cellule produttivamente infette che esprimono la proteina Tat e quelle latentemente infette che invece non la esprimono?



Dora
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Re: Endonucleasi di homing, ricombinasi-Tre: il sogno più be

Messaggio da Dora » sabato 7 febbraio 2015, 18:45

Keanu ha scritto:a quanto leggo dai tuoi ultimi post sul vaccino di Picker, ci sono fortissimi dubbi che abbia ottime chances.
Non so che pensare, bisognerebbe che Picker rispondesse ai suoi critici e che un laboratorio indipendente rifacesse la sperimentazione sulle scimmie. È anche possibile che tutti i suoi risultati siano confermati. Io per adesso preferisco sospendere il giudizio, anche perché pensare che possa aver giocato sporco mi fa molto male.
In ogni caso, qualche vaccino terapeutico che funzioni dovrà pur saltare fuori!!
Dora, lessi da qualche parte che il problema delle cellule latentemente infette è che non sono riconoscibili,non per qualche strategia adottata dall'HIV per "nascondersi" all'attacco immunitario(poi senza lasciare alcun segno proteico della sua integrazione con la cellula? :roll: ), ma perché alcuni tipi di cellule si disattivano da sole una volta infettate. E' vero? Si è capito perché c'è questa differenza tra cellule produttivamente infette che esprimono la proteina Tat e quelle latentemente infette che invece non la esprimono?
C'è una grande discussione fra gli scienziati su come si instauri la latenza dell'HIV, perché è un processo complesso, che può avvenire in tipi di cellule con diverso grado di attivazione. Ma per farla breve, in generale il virus preferisce infettare cellule attivate, che esprimono alti livelli del corecettore CCR5 che gli serve per entrare. Poi di lì le strade si biforcano: l'HIV inizia a replicarsi e dopo un po' la cellula muore; oppure, molto più raramente, per complicate ragioni biochimiche, va in latenza. In genere questo accade in cellule che erano attivate, ma poi transitano verso uno stato di quiescenza divenendo cellule memoria. Hanno il virus integrato nel loro genoma, ma sono quiescenti e possono rimanerlo per moltissimo tempo. In questa situazione, una cellula quiescente non esprime sulla sua superficie nessun marker che indichi che è latentemente infetta, quindi il sistema immunitario la tratta come se fosse sana, lasciandola in pace. Oppure un vettore, che è costruito in modo da agganciarsi a una qualche proteina virale per portare qualcosa all'interno della cellula, non sa a che cosa attaccarsi e passa oltre.
Se il virus si riattiva e comincia a trascriversi in una fase in cui anche la cellula si riattiva, si ha produzione di virus e la cellula prima o poi muore. Il grande problema è se il virus viene riattivato con qualche sostanza antilatenza mentre la cellula rimane quiescente - una situazione che viene volutamente cercata, perché una riattivazione selettiva dei CD4 quiescenti non sappiamo come ottenerla, ma un'attivazione in massa potrebbe comportare dei disastri: grande produzione di citochine, quindi infiammazione e tossicità, anche molto grave.
In questo caso, abbiamo una cellula che produce virus, ma non muore. Il problema segnalato da Siliciano, di cui abbiamo parlato tante volte.



rosso80
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News: un enzima capace di curare l'HIV

Messaggio da rosso80 » martedì 23 febbraio 2016, 13:56

Salve a tutti.

Ho letto questa notizia qui
http://www.giornalettismo.com/archives/ ... -hiv-cura/

Di seguito il testo dell'articolo:

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Aids, guarire dal virus Hiv sarà possibile?

la guarigione da un’infezione del virus Hiv è finora impossibile. Un team di scienziati tedeschi è riuscito a sviluppare un nuovo metodo, non ancora testato sugli essere umani, che potrebbe permettere di guarire dall’Aids grazie all’azione di un enzima capace di attaccare il virus Hiv.

SIEROPOSITIVO

L’Aids è una malattia infettiva da cui non si può guarire. Il virus Hiv è in grado di alterare il patrimonio genetico della persona infettata, colpendo le cellule immunitarie presenti nel sangue, ed è particolarmente resistente agli attacchi dei nostri anticorpi. Le medicine per i sieropositivi impediscono che il virus si moltiplichi nel corpo, così da impedire lo sviluppo della malattia. Al momento però questi farmaci non sono in grado di avvicinare i provirus, che sono i virus il cui genoma, integrato in un cromosoma della cellula ospite, si trasmette assieme al cromosoma da una generazione cellulare alla successiva. Per questo è stato sviluppato un enzima che funziona come una forbice molecolare, separando i provirus dell’Hiv dal resto del Dna.

SINDROME DA IMMUNODEFICIENZA ACQUISITA

Un gruppo di scienziati tedeschi guidati da Frank Buchholz del Politecnico di Dresda e da Joachim Huber dell’istituto Heinrich-Pette sono però riusciti a sviluppare un enzima in grado di colpire i provirus e separarli dalla cellula infettata, così da rendere possibile la guarigione dall’Aids, come spiega Der Spiegel. Il nuovo metodo consiste nello sviluppo di una ricombinasi, un enzima capace di effettuare una ricombinazione genetica capace di colpire all’interno del Dna i virus dell’Hiv, separandoli dal resto delle altre cellule. La ricombinasi Brec 1 sarebbe in grado di riconoscere il 90% delle mutazioni dell’Hiv, così da poter essere utilizzata per guarire i 28 milioni di sieropositivi con i provirus. Nei prossimi mesi in Germania dovrebbe essere avviato un studio su 10 pazienti, che costerà 15 milioni di euro.

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Voi cosa ne pensate?


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rospino
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Iscritto il: giovedì 19 dicembre 2013, 19:58

Re: News: un enzima capace di curare l'HIV

Messaggio da rospino » martedì 23 febbraio 2016, 15:08

Il problema è che molte molecole si sono rivelate efficaci in vitro ma i trial finora non hanno dato grandi risultati; vediamo cosa succederà appena ci saranno dati disponibili!


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